Chùa Cự Chính được xây dựng trên một khu đất rộng, mặt nhìn hướng Nam. Kiến trúc với bố cục gồm: Tam quan, sân chùa, chùa chính, nhà bia, vườn tháp, nhà Mẫu, nhà Tổ, nhà tăng ni, nhà khách, bếp, khu phụ, vườn chùa.
Cổng Tam quan được xây dựng độc đáo, ngoài sự thể hiện uy nghi bề thế, còn được các nghệ nhân xưa thể hiện trên trang trí kiến trúc với nhiều hình chạm đề tài phong phú, chạm nổi các điển tích nhà Phật rất sinh động. Năm 2009, do công trình xây dựng bằng vôi vữa quá lâu nên xuống cấp nghiêm trọng, bằng sự đóng góp của Nhân dân Cự Chính và khách thập phương, Tam quan chùa được tu bổ lại khang trang như hiện nay.
Qua cổng là lớp sân chùa và vườn liền nhau, bố trí đẹp, hợp lý, vừa có hoa trái lại tạo bóng mát đẹp, sinh động.
Chùa chính gồm toà Tiền đường và Thượng điện, kết cấu kiến trúc hình "chuôi vồ". Toà Tiền đường 5 gian 2 chái được trùng tu lớn năm 1998 từ nguồn vốn huy động trong Nhân dân và khách thập phương. Với lòng thành kính hướng về phật pháp và tâm lượng vô biên, sư cụ Thích Đàm Hiển đã dành toàn tâm đứng ra tu bổ tôn tạo cho cảnh chùa ngày càng khang trang, đẹp đẽ, uy nghiêm.
Sau chùa chính có nhà bia nhỏ và gác chuông xây bằng gạch. Nhà bia xây kiểu 2 tầng 8 mái có treo 1 quả chuông đồng lớn đúc năm 1822, dựng một tấm bia lớn tên gọi là Bồ Đề tự thuật bi ký, có niên đại ngày 5 tháng 12 năm Bính Tý năm Bảo Đại 11 (1936); phía sau bia lại treo một khánh đá.
Qua nhà bia và gác chuông là một khoảng sân rộng tiếp đến nhà Tổ - nhà Mẫu - nhà ni - nhà khách… tạo một khuôn viên khép kín phía sau. Mé bên trái khoảng sân sau này mở một cổng hậu là nơi Nhân dân và khách thập phương đến chùa lễ trong những ngày thường. Vào những ngày lễ chính chùa mới mở Tam quan để ra vào.
Cùng với môi trường cảnh quan được giữ gìn và tôn tạo thường xuyên, chùa Bồ Đề còn bảo lưu được những di vật quý như: Hệ thống tượng tròn, chuông đồng, khánh đá, bia đá, hoành phi, câu đối, cửa võng... Có thể nói đây là một quần thể kiến trúc tôn giáo hoàn chỉnh, nổi tiếng trong vùng, được du khách và nhân dân mến mộ thường xuyên đến chùa vãn cảnh, lễ Phật cầu bình an, hạnh phúc.
Chùa Bồ Đề là quần thể kiến trúc lịch sử văn hoá có từ lâu đời. Trải qua những biến cố lịch sử, nên chùa không còn dáng vẻ nguy nga cổ kính như ban đầu. Nhờ sự nhiệt tình, tâm huyết của nhân dân, sư trụ trì… di tích vẫn được bảo tồn, từng bước tu bổ tôn tạo giữ được phong cách kiến trúc cổ truyền.
Chùa Bồ Đề (Cự Chính) đã được Bộ Văn hoá và Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) xếp hạng là Di tích kiến trúc nghệ thuật năm 1990./.