Chùa được xây dựng theo hướng Đông - Đông Bắc nhìn ra sông Tô Lịch, dòng sông chứa đựng nhiều huyền thoại, cổ tích, là dòng chảy của lịch sử, dòng chảy văn hoá, văn minh. Trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp, chống Mỹ, chùa là nơi nuôi cán bộ, bộ đội, nơi tiếp sức cho bao thế hệ cách mạng làng Giáp Nhất - Nhân Chính (cũ).
Năm 1972, bom đạn của đế quốc Mỹ đã làm đổ nhà Tổ, nhà Trai và làm sạt mái nhà Mẫu; sau đó Nhân dân dựng cột kèo cũ lên làm nơi cho khách thập phương đến lễ. Năm 2002, sư cụ viên tịch mà chưa kịp tu sửa lại chùa cho khang trang hơn.
Sư thầy Thích Đàm Biên được cử về trụ trì từ 2002. Từ năm 2003 đến 2007, bằng nguồn vốn xã hội hoá, nhà chùa cùng Nhân dân xây dựng nhà Tổ. Sau đó, Ban quản lý di tích đình chùa Giáp Nhất, tiếp tục xin phép đầu tư xây dựng lại nhà mẫu cũng bằng nguồn vốn xã hội hoá, theo thiết kế đã được các cấp có thẩm quyền phê duyệt. Năm 2007, bằng nguồn vốn ngân sách Nhà nước, đã tu bổ toà Tam bảo theo bản thiết kế quy hoạch được phê duyệt.
Mặt bằng chùa hiện nay gồm có vườn tháp, chùa chính, nhà Tổ, nhà Mẫu, nhà khách, bếp, vườn và khu phụ được phân bố trong cùng một khuôn viên rộng rãi. Trong chùa hiện còn bảo lưu được nhiều di vật quý như: hệ thống tượng pháp bằng gỗ và đồng, 1 khánh đồng, 1 chuông đồng; ngoài ra còn có các đồ thờ tự, hoành phi, câu đối, bia đá...
Đình, chùa Giáp Nhất đã được Bộ Văn hoá và Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) ra Quyết định xếp hạng Di tích kiến trúc nghệ thuật năm 1992.